恋愛環境庁が発足して一カ月、各地の恋愛過疎地帯に送り込まれた恋愛系アンドロイド達から、次々と恋愛成就の報告が入る中、一人出動要請の来ないハレルヤ５１４６号。現在成績トップのキマセラ１４１０６号に皮肉を言われながら、箱形抽選機の中で悶々とした日々を過ごしている。そんな、彼についに念願の出動要請が下る。そして、意気揚々とＹ県シャイシャイ村にやって来るハレルヤ５１４６号。しかし、そこで彼が見たのはあまりに恋愛から遠ざかりすぎて、生気を失った若者達で…。

シャイシャイ村を、アゲアゲ村に生まれ変わらせたハレルヤ５１４６号。恋愛環境庁に帰還する道中で乗った箱形新幹線の中で、修学旅行に向かう途中の男子高と女子高の生徒達の一団と出会う。お互いに意識しながらも、何のアプローチもできない彼らを見て苛立つハレルヤ５１４６号。任務外にも関わらず、ハンサムスイッチを起動させて…

男子高生と女子高生の間に２３組ものカップルを誕生させたハレルヤ５１４６号。しかし、任務外にハンサムスイッチを起動させた事で、恋愛環境庁長官から厳しく叱責を受け、罰として「面倒な任務」を与えられる事になった。事情を知らされないままタキシードに着替えさせられるハレルヤ５１４６号。そして、彼が連れて行かれた場所は結婚式場。そこに待っていたのはウェディングドレス姿のキマセラ１４１０６号。「面倒な任務」とは、理想のカップルを演じながら、列席者達の恋愛感情を喚起する事だった。しかし仲の悪い二人が、理想のカップルを演じられるはずもなく…。

結婚式場の任務中、スピーチでの大ピンチに陥ったキマセラ１４１０６号は、ハレルヤ５１４６号に救われ、式場帰りの箱形タクシーの中で、感謝の言葉を述べる。その中で見せたキマセラ１４１０６号の女性らしい表情に、ハレルヤ５１４６号は目を奪われる。その日から、何かとキマセラ１４１０６号の事が気になり、任務でのミスを繰り返してしまう。そんなハレルヤ５１４６号の前に現れたのは、恋愛環境庁長官TAMA。恋愛環境庁の規則を綴った「煩悩白書パート１」をハレルヤ５１４６号に手渡して、「これに立ち向かう勇気があるのか？」と尋ねる。彼が示したページには「アンドロイド同士の恋愛を禁ずる、破った場合は分解破棄」という条文。それを見たハレルヤ５１４６号はその場で立ちつくし…

キマセラ１４１０６号への思いを断ち切ったかのように、任務に没頭するハレルヤ５１４６号。しかし、任務を終えた後の彼の表情は暗い。そんな中、ハレルヤ５１４６号が派遣されたのは、とある町の老舗和菓子屋。和菓子屋の一人娘が、情熱的なスペイン人と恋に落ちたのだが、堅実な娘の両親と、町一帯を包む閉鎖的な空気がその二人の恋愛を邪魔していた。二人の為に、街を情熱的にしようと走り回るハレルヤ５１４６号。しかし、深く根付いた街の閉鎖的な空気を変えるのは簡単な事ではなかった。任務を諦めかけるハレルヤ５１４６号。そんな彼の目を覚ましたのは、逆境に負けず、異国の地で愛を叫び続けるスペイン人の姿で…。

スペイン人に勇気をもらい、任務は無事成功。さらにスペイン人から愛を貫く精神を学んだハレルヤ５１４６号は、恋愛環境庁に戻り、キマセラ１４１０６号に本当の気持ちを伝えようとする。と、長官が再び彼の前に現れ、「パート２が完成するまで待つんだ」という謎の言葉を残して去って行く。ハレルヤ５１４６号がその意味を考える間もなく、庁内にけたたましい警報音が。日本海に面したN県H市で恋愛係数が０になったという。仲間とともにH市に急行するハレルヤ５１４６号。

その頃、Ｈ市では「ノームード伯爵」と名乗る男とその配下達が、人々の出会いの機会を邪魔しまくっていて…。

ハレルヤ５１４６号がＨ市に辿りつくと、既に「ノームード伯爵」とその仲間は姿を消していた。と、すぐに別の地域で再び恋愛指数が０になったという報告が。どうやら、彼らに狙われた地域は恋の花が咲かない不毛地帯になってしまうようだ。その後、伯爵の痕跡を追いかけるハレルヤ５１４６号だが、行く場所行く場所で姿を消しているため、なかなか尻尾を掴む事ができない。そんな中、プログラマーＭＡＳＡＳＨＩが移動の法則を掴み、次の出没地域をＧ市と特定。アンドロイド達を結集させ、現地に送り込む。しかし、そこでアンドロイド達を待っていたのは、ノームード伯爵の配下、シモネータ大佐という男で…。

シモネータ大佐の「オゲレツ・ドン引かせ光線」に苦戦するアンドロイド達。しかし、ハレルヤ５１４６号が、シモネータ大佐自身に恋をさせ、ジェントルマン大佐に生まれ変わらせた事によってＧ市の恋愛は無事守られる。任務を終え、仲間のアンドロイド達と共に恋愛環境庁に帰還するハレルヤ５１４６号。しかし、そこで彼が見たのは、炎が上がり、今にも崩れ落ちそうになっている恋愛環境庁の庁舎…。ハレルヤ５１４６号が恋愛環境庁に辿りつくと、同時に崩落する庁舎。その場に倒れていた守衛達に事情を聞くと、どうやらアンドロイド達がＧ市に結集していた隙に、ノームード伯爵の本隊に攻撃を受けたようで…。

瓦礫となった恋愛環境庁に立ちつくすハレルヤ５１４６号。長官をはじめとする職員、そして残っていたアンドロイドの安否も不明。ハレルヤ５１４６号は、キマセラ１４１０６号を見つける事ができず不安でいっぱいに。そんな中、焼け落ちた長官室の中に、長官からアンドロイド達に向けた暗号を発見する。無事暗号の解読に成功すると…それは、長官達と生き残ったアンドロイドが、恋愛中立地帯ニチョーメに避難しているというメッセージ。ハレルヤ５１４６号はいてもたってもいられず、一人でニチョーメに急行する。しかし、ニチョーメの入口で彼の前に筋肉隆々の男性門番が立ちはだかり、ニチョーメ内に入るためには、通行証が必要だと言う。通行証を手に入れている暇はないハレルヤ５１４６号。と、男性門番から女性口調で「私といい関係になれば通してあげる」という条件を出されて…。

 選択に迫られたハレルヤ５１４６号は、苦し紛れに男性門番と殴り合いの喧嘩を始める。その後、地面に寝そべって「これでいい関係になれたな」と友情を確認しあい、それによって無事にニチョーメに入る事に成功。避難して来ていた恋愛環境庁の職員達と合流する。しかし、長官、プログラマー、射手の幹部３人は依然行方不明。さらにキマセラ１４１０６号は恋愛環境庁が襲われた際に、ノームード伯爵に戦いを挑んだ結果、捕獲されてしまったのだという話を聞く。怒りをあらわにするハレルヤ５１４６号。と、そんな彼の前にノームード伯爵が姿を現す。怒りにまかせてノームード伯爵に勝負を挑むハレルヤ５１４６号。しかし、ノームード伯爵の背後から現れた女性を見て、動きが止まる。それは変わり果てたキマセラ１４１０６号。髪はボサボサで、ノーメイク、その目からは輝きが失われている。彼女は完全にノームード伯爵の手によって、恋愛に興味のない無気力女子にさせられてしまっていたのだ…。

変わり果てたキマセラ１４１０６号の姿を見てショックを受けたハレルヤ５１４６号は、ノームード伯爵に、完膚なきまでに叩きのめされてしまう。そして、生き残っていた恋愛系アンドロイドも、ノームード伯爵の配下によって、ほぼ全滅させられていた。それは恋愛環境庁の敗北。この世から愛する情熱が奪われ事を意味していた…。しかし、体も心もボロボロになり倒れているハレルヤ５１４６号の前に、恋愛環境庁長官、プログラマー、射手の幹部３人が現れる。「待たせてすまない」そう言って、彼らはハレルヤ５１４６号に一冊の本を差し出した。それこそが、恋愛環境庁、そしてこの世の中の恋愛に関する方針を記した「煩悩白書パート２」だった…。ページを開いたハレルヤ５１４６号の表情が輝く、そこに書かれていたのは…

煩悩白書パート２の最後のページに書かれていた「何人たりとも、恋は妨げられてはいけない。それは例えアンドロイドだとしても」という一文。それを見たハレルヤ５１４６号は傷ついた体をひきづり、立ち上がる。そして、ノームード伯爵の前に立ち塞がると、キマセラ１４１０６号に対して、愛の告白をした。黙って聞いていたキマセラ１４１０６号は、おもむろにバッグからポーチを取りだすと、信じられないスピードで髪を整え、メイクを施し、いつもの完璧なルックスの彼女に戻った。ハレルヤ５１４６号の心からの告白が、無気力女子となったキマセラ１４１０６号にも届いたのだった。そして、キマセラ１４１０６号は、ハレルヤ５１４６号の告白に応じるように、彼を抱きしめた。

「反撃開始だ…」愛を手に入れた２人は、力を合わせてノームード伯爵に挑み、見事撃破する。

ノームード伯爵の体から、人々から奪った情熱が飛び出していく。

そして、世の中には、再び愛が芽生えだした…。

～エピローグ～
息絶える寸前のノームード伯爵は自らの顔に付いた仮面を取り、ハレルヤ５１４６号に正体を見せる。それを見て、ハレルヤ５１４６号は無意識にある言葉を口走っていた。「父さん…」

アンドロイドであるハレルヤ５１４６号には、父などいるはずはない。

そう、それは、彼の中にある、とある人物の記憶…。その記憶が、その後のハレルヤ５１４６号に大きな危機をもたらす事になるのを、彼はまだ知らない…。